En Petite Montagne, de nombreux habitats forestiers sont présents : les hêtraies fraîches, les charmaies, les sapinières froides, les chênaies pubescentes, les tillaies sèches, des taillis de buis… Plusieurs facteurs peuvent expliquer cette diversité : le relief marqué et les oppositions de versants couplés à des vallées plus ou moins larges, la géologie présentant différents types de roches, le climat soumis à la fois aux influences montagnardes et méditerranéennes, et les pratiques sylvicoles allant de la plantation de résineux à la non-intervention.
Les espèces animales représentent le principal enjeu naturel connu dans les milieux forestiers du site. Les bois sont les lieux de reproduction de multiples oiseaux, comme le pic noir, le pic mar, le circaète Jean-le-Blanc ou le milan royal, de mammifères, comme le chat forestier, le lynx boréal ou les chauves-souris, enfin d’insectes. Il offre aussi un lieu d’hibernation à un grand nombre d’espèces, amphibiens notamment.
Du fait de la productivité moyenne, de la difficulté d’exploitation et du morcellement du parcellaire, l’exploitation forestière est extensive sur la moitié sud du site. La partie nord du site est plus productive et plus intensive (nombreuses plantations de résineux, gestion en futaie régulière, coupes rases ou précoces…), ce qui en diminue la richesse biologique.
La gestion de peuplements diversifiés, avec coupes espacées dans le temps tendrait vers une productivité importante tout en maintenant la richesse biologique du milieu.
Une activité traditionnelle d’affouage est ancrée en Petite Montagne. Elle permet d’approvisionner les habitants en bois de chauffage local.
Le buis est très présent et dense en sous-bois. Il ne laisse que peu de place aux autres végétaux et à la faune. Longtemps exploité par les tourneurs, il s’est densifié après l’arrêt de cette activité artisanale. Il subit aujourd’hui les assauts d’un papillon invasif qui le parasite, la pyrale du buis.