Les zones humides représentent environ 6 à 7% de la superficie du site. Malgré leur faible superficie, elles n’en sont pas moins des milieux de vie très riches qui hébergent de nombreuses espèces rares et menacées et peuvent constituer des habitats d’intérêt communautaire (prairies humides, marais, tourbières…).
Outre leur intérêt patrimonial reconnu, les zones humides présentent un enjeu de conservation fort en matière de régulation de la ressource en eau. Elles sont comparables à des éponges naturelles qui accumulent de l’eau quand il pleut (diminuant ainsi la vitesse des crues) et la relâchent dans le réseau hydrographique en période sèche, jouant ainsi un rôle tampon vis-à-vis des fluctuations de précipitations.
Le site compte quelques prairies humides, plusieurs marais et une tourbière sur la commune d’Arinthod.
Le drainage ou le remblaiement impactent fortement ces milieux rares et fragiles. Ils sont également menacés par l’intensification agricole (fertilisation, forte pression de pâturage…) et, pour certains, l’embroussaillement et l’envahissement par des espèces végétales exotiques.