La particularité du site Natura 2000 Petite Montagne du Jura repose sur la grande diversité de milieux naturels qu’il abrite, aussi appelés « habitats naturels ». Ils peuvent être classés en 4 grands types écologiques : pelouses et prairies, milieux humides, milieux forestiers et milieux rocheux.
Les habitats rares ou menacés à l’échelle européenne sont inscrits à l’annexe I de la Directive « Habitats-Faune-Flore », et classés en 2 catégories selon leur niveau de vulnérabilité :
- les habitats d’intérêt communautaire, qui représentent environ 28% de la surface des milieux ouverts (les milieux forestiers ne sont quant à eux pas encore intégralement cartographiés) ;
- les habitats d’intérêt communautaire prioritaire (signalés par un astérisque), parmi lesquels les pelouses sèches sur dalles, les végétations d’éboulis, les forêts de rive et de pente et quelques zones humides (marais à marisque, tourbière haute, source pétrifiante avec formation de tuf).
Certains habitats naturels, non d’intérêt communautaire, présentent néanmoins un intérêt patrimonial certain ou abritent des espèces patrimoniales.
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