Les maladies, souvent dues à des organismes non autochtones, ont des conséquences importantes sur les milieux forestiers. L’exemple le plus marqué en Petite Montagne est la chalarose du frêne commun. Depuis quelques années, les épicéas subissent des attaques de scolytes qui dégradent rapidement l’état sanitaire des plantations.
L’intensification de la gestion forestière – par la plantation de résineux, la gestion en futaie régulière, les coupes rases ou les coupes précoces – a pour effet de diminuer la biodiversité en forêt. À l’inverse, la gestion de peuplements diversifiés, avec coupes étalées dans le temps, tend vers une productivité importante tout en maintenant la richesse biologique du milieu et son équilibre.